|
Cursos y Tópicos
Aspectos generales
Métodos de evaluación
MÉTODO |
PORCENTAJE |
NOTAS |
Liderar la discusión de un artículo asignado en clase. |
10% |
|
Mini-revisión escrita |
25% |
Escribe un breve artículo de revisión sobre un tema en fisiología de procariontes que no esté directamente relacionado con tu investigación de tesis. Longitud máxima, 6 páginas, incluyendo figuras, tablas y referencias. |
Participación activa en clase. |
25% |
|
Tareas |
40% |
Estos van desde ensayos cortos hasta preguntas de opción múltiple, que se deben completar fuera de clase. Probablemente habrá un total de 7 asignaciones en total. |
Profesor (a) responsable
Profesores (as) participantes
PARTICIPANTE |
ENTIDAD O ADSCRIPCIÓN |
SESIONES |
DUNN MICHAEL FREDERICK Responsable
|
Centro de Ciencias Genómicas |
Clase 1, Introducción Clase 11, Metabolism bacteriano parte I Clase 13, Metabolismo bacteriano, Parte III Clase 14. Ultraestructura procariótica y sistemas de transporte Clase 15. Motilidad, quimiotaxis, interacciones bacterias/plantas Clase 2, Síntesis macromolecular, Parte I Clase 3, Síntesis macromolecular, Parte II Clase 4, Genomas bacterianos, bacteriofagos Clase 5 Regulación génica Clase 6, reguladores transcripcionales Clase 7 Adaptación bacteriana Regulación metabolica Regulación transcripcional |
FARÍAS RICO JOSÉ ARCADIO Integrante
|
Centro de Ciencias Genómicas |
Clase 7, las ribosomas |
GONZÁLEZ ZÚÑIGA VÍCTOR MANUEL Integrante
|
Centro de Ciencias Genómicas |
Clase 4, Genomas bacterianos, bacteriofagos |
HERNÁNDEZ LUCAS ISMAEL Integrante
|
Instituto de Biotecnología |
Clase 6, reguladores transcripcionales |
UTRILLA CARRERI JOSE Integrante
|
Centro de Ciencias Genómicas |
Clase 8, modelamiento del crecimiento, partición del proteoma y distribución de recursos celulares |
Introducción
Los procariotas (bacterias y arqueas) son las formas de vida dominantes en la tierra. Este curso tiene como objetivo ofrecer al estudiante una visión general de temas relacionados con la fisiología de los procariotas y con ello ampliar el entendimiento de las estructura, metabolismo, genómica funcional y ecología de estos organismos. Una característica vital del curso serán las numerosas clases impartidas por expertos en un área particular de la fisiología procariota. La revisión de los diferentes tópicos incluirá la discusión de bibliografía básica y artículos de investigación, además de ubicarlos en un contexto histórico.
Temario
Clase 1. 30 de enero. Una introducción a los procariontes. Dr. Michael Dunn.
Clase 2. 6 de febrero. Síntesis macromolecular Parte I: replicación, transcripción y traducción. Dr. Michael Dunn.
Clase 3. 13 de febrero. Síntesis macromolecular Parte II: replicación, transcripción y traducción. Dr. Michael Dunn.
Clase 4. 20 de febrero. Genomas bacterianos, bacteriófagos. Dr. Víctor González (CCG).
Clase 5. 27 de febrero. Regulación genética. Dr. Michael Dunn.
Clase 6. 5 de marzo. Reguladores transcripcionales. Dr. Ismael Hernández-Lucas (IBt).
Clase 7. 12 de marzo. Las ribosomas. Dr. José Arcadio Farías Rico (CCG).
Clase 8. 19 de marzo. Modelamiento del crecimiento, partición del proteoma y distribución de recursos celulares. Dr. José Utrilla Carreri (CCG).
Clase 9. 26 de marzo. Evolución dirigida en bacterias. Dra. Ayari Fuentes-Hernández (CCG)
Clase 10. 2 de abril. Ecología microbiana y adaptación. Dra. Eria Rebollar Caudillo (CCG)
Clase 11. 8 de abril. Metabolismo bacteriano parte I. Vías centrales: Dr. Michael Dunn.
Clase 12. 16 de abril. Metabolismo bacteriano parte II. Lípidos: Dra. Isabel López-Lara (CCG).
Clase 13. 23 de abril. Metabolismo bacteriano parte III. Nitrógeno, metabolismo secundario. Dr. Michael Dunn.
Clase 14. 30 de abril. Ultraestructura procariótica y sistemas de transporte. Dr. Michael Dunn.
Clase 15. 7 de mayo. Motilidad y quimiotaxis, interacciones bacterias/plantas. Dr. Michael Dunn
Clase 16. 14 de mayo. Biopelículas. Dr. David Zamorano (CCG).
Clase 17. 21 de mayo. Bacterias en la naturaleza. Dra. Esperanza Martinez Romero (CCG).
Bibliografía
1. Antczak M et al 2019. Environmental conditions shape the nature of a minimal bacterial genome. Nat. Commun. 10:3100.
2. Barrick JE, Lenski RE. 2013. Genome dynamics during experimental evolution. Nat. Rev. Genet. 14:827-839.
3. Browning DF, Busby SJW. 2016. Local and global regulation of transcription initiation in bacteria. Nat. Microbiol. 14:638-650.
4. Bruggeman FJ et al. 2020. Searching for principles of microbial physiology. FEMS Microbiology Reviews, fuaa034, 44, 2020, 821–844.
5. De Mets F et al 2019. Regulation of acetate metabolism and coordination within the TCA cycle via a processed small RNA. PNAS 116:1043-1052. 6. diCenzo GC, Finan TM. 2017. The
divided bacterial genome: structure, function, and evolution. Microbiol Mol Biol Rev 81:e00019-17. https://doi.org/10.1128/ MMBR.00019-17.
7. Dunn MF. 2015. Key roles of microsymbiont amino acid metabolism in rhizobia-legume interactions. Crit. Rev. Microbiol. 41:411–451.
8. Duprey A, Groisman EA. 2020. DNA supercoiling differences in bacteria result from disparate DNA gyrase activation by polyamines. PLoS Genet 16(10): e1009085. https://doi.org/ 10.1371/journal.pgen.1009085
9. Hug LA. et al 2016. A new view of the tree of life. Nat. Microbiol. ARTICLE NUMBER: 16048 | DOI: 10.1038/NMICROBIOL.2016.48
10. Galperin MY. What bacteria want. Environmental Microbiology (2018) 20(12), 4221–4229 doi:10.1111/1462-2920.14398
11. Govindarajan S, Amster-Choder O. 2016. Where are things inside a bacterial cell? Curr Opin Microbiol. 10.1016/j.mib.2016.07.003.
12. Lane N. 2019. Why is life the way it is? Molec. Front. J. 3:20-28.
13. Liu J et al 2015. Metabolic co-dependence gives rise to collective oscillations within biofilms. Nature 523:550-554.
14. López-Lara IM, Soto MJ. 2019. Fatty acid synthesis and regulation. In: Geiger O (ed) Biogenesis of Fatty Acids, Lipids and Membranes, Springer Nature, p. 391- 407.
15. Martin WF et al 2015. Endsymbiotic theories for eukaryote evolution. Phil. Trans. R. Soc. B 370:20140330.
16. Martínez-Romero E et al 2020. Plant microbiota modified by plant domestication. Syst. Appl. Microbiol. 43(5):-. [doi:10.1016/j.syapm.2020.126106]
17. Martínez-Romero E et al. 2020. We and herbivores eat endophytes. Microbial Biotechnol. doi:10.1111/1751-7915.13688.
18. Oakley AJ. 2019. A structural view of bacterial DNA replication. Prot. Sci. 28:990-1004.
19. Pech-Canul Á et al 2020. Role of Sinorhizobium meliloti and Escherichia coli long-chain acyl-CoA synthetase FadD in long-term survival. Microorg. 8(4):470-. [doi:10.3390/microorganisms8040470]
20. Pi H-W et al, 2022. Origin and Evolution of Nitrogen Fixation in Prokaryotes, Molecular Biology and Evolution, Volume 39, Issue 9, September 2022, msac181, https://doi.org/10.1093/molbev/msac181
21. Price MN et al 2018. Mutant phenotypes for thousands of bacterial genes of unknown function. Nature 557:503-509.
22. Rodri?guez-Beltra?n J et al. 2021. Beyond horizontal gene transfer: the role of plasmids in bacterial evolution. Nat. Rev. Microbiology 19:347-359.
23. Sakanaka A. 2022. Fusobacterium nucleatum Metabolically Integrates Commensals and Pathogens in Oral Biofilms. mSystems 7(4) 10.1128/msystems.00170-.
24. Sambamoorthy G et al 2019. Evolutionary design principles in metabolism. Proc. R. Soc. B 286:20190098.
25. Steffens L et al. 2023. High CO2 levels drive the TCA cycle backwards towards autotrophy. Nature 5982:784-788.
26. Viljoen A et al 2020. Scratching the surface: bacterial cell envelopes at the nanoscale. mBio 11:e03020-19. https://doi.org/10.1128/mBio .03020-19.
27. Wimmer JLE, Xavier JC, Vieira AdN, Pereira DPH, Leidner J, Sousa FL, Kleinermanns K, Preiner M and Martin WF (2021) Energy at Origins: Favorable
Thermodynamics of Biosynthetic Reactions in the Last Universal Common Ancestor (LUCA). Front. Microbiol. 12:793664. doi: 10.3389/fmicb.2021.793664
Libros
1. Bertrand J-C et al 2015. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications. Springer, Dordrecht, 933 p.
2. Falkowski PG. 2015. Life's Engines: How Microbes Made Earth Habitable. Princeton University Press, 224 p.
3. Kim BH, Gadd GM. 2008. Bacterial Physiology and Metabolism. Cambridge University Press, Cambridge, UK, 529 p.
4. Krebs J et al 2014. Lewin's Genes XI- 11th ed. Jones and Bartlett Learning, Burlington MA, 969 p.
5. Lane N. 2015. The Vital Question. WW Norton and Co., 360 p.
6. Madigan MT et al. 2004. Brock Biología de los Microorganismos. Pearson, Madrid, 1008 p.
7. O'Malley MA. 2014. Philosophy of Microbiology. Cambridge University Press, 269 p.
6. Quammen D. 2018. The Tangled Tree: A Radical New History of Life. Simon and Schuster, New York, 480 p.
8. Snyder L, Champness W. 2007. Molecular Genetics of Bacteria, 3rd ed. ASM Press, Washington DC, 735 p.
9. Watson, J. D., T. A. Baker, S. P. Bell, A. Gann, M. Levine and R. Losick. 2008. Molecular Biology of the Gene, 6th Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 841 p.
Descargar en PDF
|