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Cursos y Tópicos
Aspectos generales
Métodos de evaluación
| MÉTODO |
PORCENTAJE |
NOTAS |
| Participación en clase |
10% |
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| Presentación de artículo y discusión |
20% |
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| Trabajo final |
60% |
Cumulativo a lo largo de todo el semestre |
| Trabajos |
10% |
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Profesor (a) responsable
Profesores (as) participantes
| PARTICIPANTE |
ENTIDAD O ADSCRIPCIÓN |
SESIONES |
JARAMILLO CORREA JUAN PABLO
Responsable
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Instituto de Ecología |
Alternativas a la selección Alternativas a la selección 2 Alternativas a la selección 3 Carga genética Carga genética 2 Carga genética 3 Espectro de frecuencias y efectos de la demografía Espectro de frecuencias y efectos de la demografía 2 Espectro de frecuencias y efectos de la demografía 3 Introducción a la evolución molecular Introducción a la evolución molecular 2 Introducción a la evolución molecular 3 Pruebas de asociación Purebas clásicas de selección Purebas clásicas de selección 2 Purebas clásicas de selección 3 Validación de candidatos Validación de candidatos 2 Validación de candidatos 3 Validación de candidatos 4 |
GASCA PINEDA JAIME
Integrante
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Instituto de Ecología, Laboratorio de Evolución Molecular y Experimental |
Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs 2 Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs 3 Pruebas de asociaciôn Pruebas de asociación 2 Pruebas de asociación 3 |
GRANADOS AGUILAR XOCHITL CITLALMINA
Integrante
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Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, UNAM/ CONHACYT |
Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs 2 Filtrado de lecturas y genotipado de SNPs 3 Mapas de ligamiento, asociaciones fenotípicas y búsqueda de QTLs Mapas de ligamiento, asociaciones fenotípicas y búsqueda de QTLs 2 Mapas de ligamiento, asociaciones fenotípicas y búsqueda de QTLs 3 |
Introducción
Discusión de artículos recientes y de capítulos de libro clásicos sobre los métodos para inferir variación adaptativa en estudios genómicos y genético-poblacionales. La mayoría de los cursos que se imparten actualmente en el posgrado (incluyendo el PDCB: filogeografía, genética del paisaje, evolución molecular y genética de poblaciones) se enfocan en la variación neutral y los procesos estocásticos (deriva génica, demografía histórica, etc.) que la modelan; todos ellos tratan la parte adaptativa de forma muy somera y sin ahondar en las pruebas específicas de selección a nivel molecular. En este curso se busca llenar ese vacío a través de la discusión de artículos recientes y de ejercicios prácticos en clase para encontrar señales de adaptación a nivel molecular. Se aceptarán únicamente estudiantes que tengan conocimientos avanzados de genética de poblaciones y/o evolución molecular. Los interesados deberán poseer datos propios para ser analizados en un contexto adaptativo y cuyos resultados puedan ser discutidos en clase.
Temario
1. Introducción a análisis bioinformáticos
Introducción a los Scripts
Funciones básicas de navegación y manejo de archivos vcf
Filtrado de secuencias e identificación de SNPs
2. Introducción a la evolución molecular
Diversidad nucleotídica
Espectro de frecuencias (SFS)
Efectos de la demografía y selección en el SFS
3. Test clásicos de selección natural en evolución molecular
Lewontin-Krakauer, D,F, H, dN/dS, etc.
Influencia de la demografía histórica y de factores filogenéticos
4. Carga genética y distribución de efectos en el fitness
5. Métodos de asociación genética y detección de outliers
(BayeScan, PCAdapt, LFMM, etc.).
6. Validación de candidatos
Ensayos de procedencia
Transplantes recíprocos
Transcriptómica y metabolómica
Transformación genética
7. Alternativas a la selección
Plasticidad fenotípica
Factores epigenéticos
Evolución no-adaptativa
Bibliografía
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Observaciones
Favor contactar al profesor antes de inscribir el curso.
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