Los virus son las entidades biológicas más abundantes y diversas del planeta, y se presume que han desempeñado un papel fundamental en la evolución de la vida en la Tierra. A través de las interacciones con sus hospederos son capaces de modular la diversidad microbiana e influir en los ciclos biogeoquímicos globales. Tales interacciones se integran en procesos co-evolutivos que pueden derivar en el establecimiento de relaciones mutualistas cuando la presencia del virus confiere un rasgo adaptativo a su hospedero, o en dinámicas de tipo depredador-presa en donde los virus imponen fuertes presiones de selección sobre la evolución de mecanismos de defensa e inmunidad. Entender la ecología y evolución de virus puede ayudar a predecir y mitigar la surgencia de enfermedades zoonóticas, a desarrollar vacunas y fármacos antivirales, a implementar estrategias de biocontrol y conservación, y al descubrimiento de sistemas moleculares con aplicaciones biotecnológicas.

1. Presentación del curso
a. Mejores prácticas para la presentación de un anteproyecto – 5 de febrero (Alejandro Cisneros – 4h)

2. Introducción a la ecología microbiana
a. Metabolismos bacterianos y ciclos biogeoquímicos – 12 de febrero (Francisco González – 4h)
b. Interacciones bióticas – 19 de febrero (Francisco González – 4h)
c. Introducción a los análisis estadísticos y de diversidad – 26 de febrero (Francisco González – 4h)
d. Introducción a los análisis estadísticos en R – 5 de marzo (Francisco González – 4h)

3. Concepto de virus
a. Características generales de los virus – 12 de marzo (Sergio P. – 4h)
b. Introducción a los ciclos de replicación viral – 19 de marzo (Sergio P. – 4h)
c. Origen de los virus – 26 de marzo (Sergio P. – 4h)

4. Ecología de virus
a. Flujos de trabajo bioinformáticos aplicados a metagenómica de virus – 9 de abril (Alejandro Cisneros – 4h)
b. Interacción entre virus y el ambiente – 16 de abril (Alejandro Cisneros – 4h)
c. Impacto de los virus en los ciclos biogeoquímicos – 23 de abril (Alejandro Cisneros – 4h)
d. Interacciones virus-hospedero – 30 de abril (Alejandro Cisneros – 4h)
e. Ecología de enfermedades virales – 7 de mayo (Alejandro Cisneros – 4h)

5. Evolución de virus
a. Introducción a la evolución y los métodos de reconstrucción filogenética – 14 de mayo (Enrique Soto – 4h)
b. Mecanismos de evolución de virus – 21 de mayo (Enrique Soto – 4h)
c. Origen y evolución de virus emergentes – 28 de mayo (Enrique Soto – 4h)

• Flint, J., Racaniello, V. R., Rall, G. F., Hatziioannou, T., & Skalka, A. M. (2020). Principles of virology (5th ed.). John Wiley & Sons.
• Taylor, M.W. (2014). What is a virus? In: Viruses and Man: A History of Interactions. Springer.
• Casjens, S.H., & Hendrix, R.W. (2015). Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479-480, 310-330.
• Koonin, E.V. et al. (2021). The Baltimore Classification of Viruses 50 Years Later: How Does It Stand in the Light of Virus Evolution? Microbiol Mol Biol Rev 85.
• Forterre, P. (2006). The origin of viruses and their possible roles in major evolutionary transitions. Virus Research 117(1), 5-16.
• Holmes, E.C. (2009). The Evolution and Emergence of RNA Viruses. Oxford Academic.
• Wolfe, N., Dunavan, C. & Diamond, J. (2007). Origins of major human infectious diseases. Nature 447, 279–283.
• Geider, R.J., Moore, C.M., Suggett, D.J. (2014). Ecology of Marine Phytoplankton. In: Monson, R. (eds) Ecology and the Environment. The Plant Sciences, vol 8. Springer, New York, NY.
• Shu, WS., Huang, LN. (2022). Microbial diversity in extreme environments. Nat Rev Microbiol 20, 219–235.
• Bertrand, JC. et al. (2015). Biogeochemical Cycles. In: Bertrand, JC., Caumette, P., Lebaron, P., Matheron, R., Normand, P., Sime-Ngando, T. (eds) Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications. Springer, Dordrecht.
• Sommers, P. et al. (2021). Integrating Viral Metagenomics into an Ecological Framework. Annu. Rev. Virol. 8:133–58.
• Gregory, et al. (2019). Marine DNA Viral Macro- and Microdiversity from Pole to Pole. Cell 177(5), 1109 - 1123.e14.
• Breitbart, et al. (2018). Phage puppet masters of the marine microbial realm. Nature Microbiology, 3, 754-766.
• Huang, D. et al. (2024). Adaptive strategies and ecological roles of phages in habitats under physicochemical stress. Trends in Microbiology 32(9), 902-916.
• Winter C. et al. (2010). Trade-Offs between Competition and Defense Specialists among Unicellular Planktonic Organisms: the “Killing the Winner” Hypothesis Revisited. Microbiol Mol Biol Rev 74.
• Samson, et al. (2013). Revenge of the phages: defeating bacterial defences. Nature Reviews Microbiology 11, 675–687.
• Roossinck, M. (2011). The good viruses: viral mutualistic symbioses. Nat Rev Microbiol 9, 99–108.

La bibliografía presentada incluye trabajos seminales y revisiones actualizadas que se recomiendan para introducirse en las áreas de ecología y evolución de virus. Los artículos que se discutirán en cada sesión serán enviados con una semana de anticipación.